在古代，埃及医学一直享有很高的声誉。从“埃伯斯纸草卷”、“史密斯纸草卷”、“拉洪纸草卷”、“柏林纸草卷”、“伦敦纸草卷”和“赫斯特纸草卷”中，我们发现古埃及的医学文明涉及眼病、胃病、心血管病、囊肿和糠疹的治疗和研究。
古埃及人通过制作人和动物的木乃伊，来熟悉人和动物各种器官的形状和位置，以及某些器官的功能。古埃及象形文字中有多个解剖学术语，在《埃伯斯纸草卷》中，有一个对人类心脏运动的特殊描述：
“医生的基本秘密是了解心脏运动，从心脏到人体各个部位的血管，所以任何医生……当你触摸你的头、手、手掌和脚时，你会触摸你的心脏，因为血管从心脏延伸到身体的各个部位。”因此，埃及人认为心脏是人体最重要的器官，是人类生命和智慧的源泉，所以当他们做木乃伊的时候，他们会把心留在身体里。
对于常见的外科和内科疾病，古埃及医生有相应的医疗手段；如用刀切脓肿、切除肿瘤，外用药物治疗溃疡或烧伤，用包扎法治疗骨折脱位，用酒、蜂蜜、鹿角、高粱根、动物脂肪等制成药物治疗内科疾病等。古埃及医学发展最突出的成就是木乃伊的生产，它可以历经几千年而保持完整的身体，使皮肤不受损伤。从中，我们甚至可以猜出法老临死前的平静姿态和迷人的微笑。
在前埃及王朝时期，木乃伊是自然形成的，没有任何特殊处理。当时，人们把尸体埋在挖掘得很浅的坟墓里，用兽皮或编织物覆盖，并用沙子覆盖。由于埃及的高温，灼热的太阳落在沙土上，沙土很快就把尸体晒干了，并保持了完整。
进入古埃及第四王朝时，古埃及人意识到内脏是尸体快速腐烂的重要原因，因此制作木乃伊在提取内脏方面有着重要的环节。然而，在古王国和中王国时期，只保存了一些木乃伊，最重要的原因是防腐技术的发展水平仍然很低。
到新王国时期，埃及的木乃伊制作技术趋于完善，出现了有效的尸体脱水和保存技术。当时，制作干尸已发展成为一个专门的行业，拥有专门的防腐剂和木乃伊制作车间。法老和大臣们不仅在死后制作木乃伊，而且许多富有的平民也竞相效仿。具体生产工艺如下：
第一，尸体的医疗；也就是说，最容易腐烂的内脏都被清除了。一般的方法是在身体左侧切开一个洞，取下所有的内脏，如肝、肺和肠。死者的骨髓也必须通过筛骨从鼻孔中取出，但是心脏必须被保存，因为古埃及人相信心脏是思想和理解的器官，必须留在身体中。
其次，分别对内脏和体腔进行治疗。将器官从身体中取出后，制作木乃伊的人用盐从器官中吸取水分，将其浸泡在食用油或液态松香中，然后将其保存在一个称为卡皮诺克的罐子中，并将其埋葬在陵墓中。
对于灭菌的体腔，先将泡沫碱和其他临时填充剂包裹在布料中，然后将其放入干泡沫碱粉末中约40天。除去水分后，取出里面的填料，用碎肉桂和泡沫碱代替。最后，仔细缝合切口，并用露丝的眼睛贴住皮肤，因为古埃及人相信皮肤有很强的愈合和保护作用。
第三，在处理过的尸体上涂上厚厚的药膏和松香溶液，以防止与空气直接接触，从而抵抗自然化学作用。然后，用白色亚麻布依次包住手指、手掌、脚和躯干。死者的鼻子有时会被提取的骨髓破坏，所以在它上面放一个木制的假鼻子，人工眼球也被放置在眼窝中。最后一道工序是把死者的双手交叉放在胸前，放进棺材里，有时放在棺材箱外面。
到下半年（约公元前年），木乃伊化的棺材发展成彩色的人类棺材，当时的一具木乃伊可以保存大约70天。正是由于古埃及先进的医疗技术，埃及成为世界上最具木乃伊化的国家，为我们研究古埃及的生活和文明留下了宝贵的遗产。
现在已知最早的防腐处理方法是赫特菲瑞斯，他是第四王朝法老胡夫的母亲。虽然她的身体无法保存，但保存她的内脏的罐子仍然存在。目前，保存最早的木乃伊是古埃及第五王朝的晚期，约公元前年的法老赛特一世和拉美西斯二世的木乃伊，至今仍保存在萨卡拉的尼弗尔墓穴中，接下来是第六王朝的艾伊布特一世。
自从年在尼罗河西岸的德尔巴赫发现新王国的坟墓以来，法老的木乃伊已经不再是稀有物品，其中包括法老赛特一世和拉美西斯二世的著名木乃伊。现在，除了埃及外，就连英国、美国、加拿大和法国这些国家的博物馆也收藏了许多古埃及木乃伊。